Ekosistem Uygulama ve Araştırma Merkezi (EKOSAM) "ekosistem temelli" araştırmaya dayalı bir misyon üstlenmiştir. Biyoçeşitlilik kavramı genetik, tür ve ekosistem çeşitliliğini kapsar. Artık yalnızca türlerin değil, genetik zenginliğin ve ekosistem süreçlerinin de korunması gerekliliği ortaya çıkmıştır. Ekosistem düzeyindeki çeşitliliğin korunması (örneğin besin zincirinin ve enerji akışının korunması) biyoçeşitliliğin tüm öğelerinin korunmasını garanti altına alır. Türkiye, İran-Turan, Avrupa-Sibirya ve Akdeniz biyo-coğrafyaları ile bu coğrafyaların geçiş zonlarında ve üç kıtanın birleştiği noktada yer alması ve farklı iklimsel ve topografik özellikleri sayesinde ekosistem ve tür çeşitliliği açısından dünyada çok önemli bir yere sahiptir. Bununla birlikte, sahip olduğu doğal habitatları giderek kaybetmekte olan ve biyolojik çeşitliliğin tehdit altında olduğu ülkelerden birisidir. Hem yüksek biyoçeşitliliği barındırması, hem de bu biyoçeşitliliğin tehdit altında olması sebepleriyle Türkiye dünyanın en önemli biyoçeşitlilik sıcak noktaları arasında yer almaktadır. Ekosistem temelli araştırmalar, ülkemiz açısından çok kritik olan doğal kaynak ve biyoçeşitlilik yönetimini; özellikle sucul, orman ve bozkır ekosistemleri temelinde irdelemek ve uzun vadeli izleme altyapısının temellerini atmak için gereklidir.
